まずはファイルパスが正しいかを疑うべきですが、それが正しい場合はアクセス権が原因の可能性があります。
例えば、私の場合、/home/username/xxxx.git という場所にベアリポジトリを作成していたのですが、xxxx.git のアクセス権しか変更していませんでした。
$ sudo chmod o+rx xxxx.git
しかし、その一つ上の /home/username にアクセス権が設定されていなかったため、Redmine からは見ることができなかったようです。
以下のように設定変更すれば解決しました。
$ sudo chmod o+rx /home/username